В Основных параметрах задания (закладка - Задание) поставьте Вид резервного копирования = "Только новые и измененные файлы". Это и будет инкрементальный бекап.
А по отношению к какому архиву он будет инкрементальным? Дело в том, что когда установил этот тип архивации, программа создала первый архив нормально. А в следующие, даже если ничего не добавлялось и не менялось, упорно загоняет несколько файлов
При установке инкрементального режима программа забирает в архив только файлы у которых установлен атрибут "Архивный" (он устанавливается ОС при создании и изменении файла) и после этот атрибут очищается у файла. Посмотрите на этот атрибут у этих файлов которые попадают в архив всегда. Возможно они изменяются какой либо программой или просто у APBackup не хватает прав на изменение файла (т.е. что бы снять атрибут после его архивирования), например у вас права "Только чтение"