Добрый день.
Обновите программу до версии 3.8.
Обновление архива ZIP дорогая по времени операция и зависит от размера обновляемого архива.
В вашем случае лучше настроить одно задание как у вас уже есть - полный архив с утра с глубиной 1 архив (или больше если необходимо сохранять несколько дней для отката).
А почасовые архивы настроить в отдельную папку с глубиной 24 файла (24 часа в сутках) с форматом даты включая время (например "YYYYMMDD_hh-nn"). Т.е. на выходе получим отдельную папку с полными ежедневными архивами и папку с отдельными почасовыми инкрементными архивами за последний день. В этом случае не будет обновления большого архива и все будет выполняться быстро.
Для отката в этом случае необходимо развернуть последний полный архив, а затем разворачивать инкрементные архивы по очереди в порядке возрастания времени.
Пример в статье (только здесь по дням)
http://avpsoft.ru/blog/2009/11/12/apbac ... nt_backup/