AVPSoft

Возможно ли делать бэкап папок с фтп на локальный диск? И возможно вытаскивать бэкапы MySQL через phpmyadmin

В текущей версии пока такого режима нет. Т.е. возможно только с локального диска на FTP сервер

жалко, а скоро ждать?)

кстати а бэкап не будет даже если линк указать ввиде ftp://user:password@ip?

Нет так тоже не получится.
В принципе можно попробовать запускать какой либо менеджер или консольный ftp клиент с параметрами из командной строки ("Перед копированием"-"Запуск приложения") что бы он скачал определенный каталог с FTP на локальный диск.

ну это уже городить. ладно подождем обнволения.