Если у вас работает служба то для изменения задания необходимо остановить службу, запустить программу в обычном режиме исправить задание, выйти и запустить службу снова. Т.к. конфигурация задач читается при запуске службы то если вы исправите задание не остановив службу - сервис не обновит конфигурацию а будет работать по старой.
Вам не кажется это решение - кривым?! Может таки исправить программу стоит?
Мне видится что этот алгоритм в роли службы - не проработан совсем. Я так понимаю что нужно принципиально 2 разных подхода в работе программы если она запущена как служба.