AVPSoft

Проблема в том, что база заданий разная в терминальной сессии и консоли... Как бы поправить? Поясню, если я захожу терминалом на Виндовз сервер, где стоит сабж, то получается, что база заданий уже другая...

Дело в том, что если вы установите программу в автозагрузку, т.е. отметите в Опциях загружать при старте системы то программа будет загружаться каждый раз как только новая сессия стартует - это не правильно. Снимите эту галочку и запускайте программу или только в автозагрузке консольной сессии, либо как сервис.