AVPSoft

Подскажите как настроить программу, чтобы при автозагрузке она
сворачивалась в трей.

И второй вопрос: при установке опции " установить сервис" - интересует как работает автоматическое резервирование

После регистрации программа будет при старте сворачиваться в трей.

После установки сервиса он будет стартовать при загрузке компьютера и выполнять задания так же как и в обычном режиме (особенности при работе по сети читайте в FAQ на сайте). Если программа не зарегистрирована то для проверки работы сервиса надо установить его под LocalSystem и после старта сервиса нажать "Продолжить без регистрации" дальше программа будет работать в фоне в автоматическом режиме