APBackup в текущей версии не имеет средств для бэкапа MS SQL, единственный выход (если все таки решили использвать APBackup) это в APBackup настроить "Перед копированием"->"Запуск приложения"
А приложение это osql.exe от MS SQL server c параметрами и командой SQL которая делает бэкап базы в файл. Этот полученный файл настроить в качестве источника для этого же задания.
При этом программа выполнит данный скрипт (дождавшись его выполнения) и затем заархивирует полученный файл бэкапа базы MSSQL.
Примеры запуска бэкапа MS SQL из командной строки можно найти здесь:
http://support.microsoft.com/kb/241397/ruhttp://tdmsforum.ru/index.php?showtopic=5