В параметрах архиватора WinRar.EMC видим
// Строка параметров все выражения в [] будут заменены на конкретные выражения
ParamStr="[ArhCommand] [RecurseSw] [CompressLevel] [TmpDirSW] [AddWithArchiveAttr] [ClearArchiveAttr] [Priority] [PasswordSw] -ds -ed -y -idp [ExcludeSw] [SaveNTFSRights] "[ArchiveName]" [IncludeSW] [DeleteOriginalFile] "
Ключ -ed - не сохранять пустые директории
Хорошо бы либо исключить этот ключ из строки параметров WinRar, либо устанавливать его в настройках параметров - типа [EmptyDirs].
Не обратил на это внимание - поставил галочку "Сохранять в архив пустые директории" - и получил архив, из которого не смог восстановить всю систиему в работоспособном виде. Пришлось разбираться с WinRar.EMC, что не хотелось бы.